次世代シーケンサー技術を用いた遺伝子解析の支援

場所:理研横浜事業所(横浜市鶴見区)

理研CLST機能性ゲノム解析部門ゲノムネットワーク解析支援施設(GeNAS)では、当部門が開発したゲノムワイドな解析技術を社会に普及させるため、次世代シーケンサーを用いた遺伝子解析受託サービスを提供しています。ゲノム、エピゲノム解析に加えて、理研オリジナル技術である CAGE 法(Cap analysis of gene expression) を始めとするトラスクリプトーム解析などを得意とするユニークな遺伝子解析技術を用いた支援を行います。 CAGE法は、Cap修飾されたRNAの5‘末端の塩基配列を決定することにより転写開始点を網羅的に同定できる技術です。次世代シーケンサーと組み合わせることにより転写産物の定量的なデータが得られ、発現プロファイリングやプロモーター部位の予測、転写因子結合モチーフ解析、転写制御ネットワーク解析、エンハンサーの候補探索などを行うことができます。従来のマイクロアレイによる発現解析と比較して、ダイナミックレンジが広くかつ定量性に優れた遺伝子発現プロファイルが得られています。CAGE法は以下の点において、他の技術を凌駕しています。

  • ●遺伝子の転写産物を転写開始点ごとに定量でき、ゲノムワイドにプロモーター活性を定量解析できる世界で唯一の技術です。
  • ●発現変動が見られた転写開始点周辺領域のモチーフを検索し、関与している可能性のある転写因子を予測できます。
  • ●PCRの工程がなく、さらに5’末端に特化してシークエンスをするためRNA-seqのように転写産物の長さによるバイアスも無く、定量性に優れています。
  • ●新たなRNA分子(mRNA, long non-coding RNAや エンハンサー RNAなどのノンコーディング RNA)やプロモーターを発見できる可能性があります。
  • ●200万のRNA分子から1つのRNAを99.99%の確度で検出できる高感度技術です。
  • ●オートメーション技術により大規模、かつ、高速の解析を低コストで実現しています。

CAGE法は国際コンソーシアムFANTOMプロジェクトをはじめ多くの研究に活用され、生命科学の基礎研究にとどまらず、新しいバイオマーカーの同定、薬物の作用機序の解明、創薬ターゲット探索、ドラッグ・リポジショニングなど医療診断技術や薬理学、広範な医薬探索、iPS細胞を含むさまざまな細胞の品質管理への応用などが期待されています。

GeNASでは、次のような解析を提供しています。

・トランスクリプトーム解析(遺伝子発現解析)
CAGE
RNA-Seq
微量RNA-Seq
Small RNA-Seq
1細胞CAGE(Fluidigm C1; 現在、準備中です。ご相談ください)
1細胞RNA-Seq(10X Chromium; 現在、準備中です。ご相談ください)

・ゲノム解析
全ゲノム解析
エクソーム解析
カスタムターゲットリシーケンス解析
ゲノムフェージング解析(10X Chromium; 現在、準備中です。ご相談ください)

・エピゲノム解析
ChIP-Seq
全ゲノムバイサルファイトシーケンス解析
ターゲットバイサルファイトシーケンス解析

・cDNA アンプルコンシーケンス解析

詳細な情報はこちら(http://www2.clst.riken.jp/genas/)をご覧ください。